El rol de las pruebas de laboratorio en la epidemiología de la infección por SARS-CoV-2 (COVID – 19) en el Perú

Compartimos con nuestros lectores un artículo escrito por el profesor de la Maestría en Epidemiología Clínica, Jorge Luis Maguiña Quispe, Miembro del Comité Institución de Ética en Investigación de la Universidad Científica del Sur.

El 31 de Diciembre del 2019 se alertó a la Organización Mundial de la Salud (OMS) sobre la emergencia de casos de neumonía de origen desconocido en la ciudad de Wuham en China(1). Siendo así, que para finales de enero del 2020 ya se reportaban más de 9700 casos a nivel mundial causados por el nuevo agente conocido como SARS-CoV-2(2). La transmisión rápida del SARS-CoV-2 y el riesgo de su pronta llegada a Latinoamérica, hizo preguntarse a los países, en su gran mayoría de bajo y medianos ingresos, si contaban con un sistema de salud a la altura, para responder a una epidemia y si estábamos listos para prevenir y controlar su transmisión(3). La respuesta fue desalentadora, los países de la región, incluyendo el Perú, cuentan con sistemas de vigilancia débil y con sistemas de salud fragmentados. Siendo así, que un sistema de vigilancia que no detecta casos adecuadamente, no puede prevenir, controlar y menos eliminar una amenaza de salud pública(4).

En un comunicado emitido el 19 de marzo de 2020, la OMS, recomienda la detección de casos de COVID-19 y la confirmación de infección por SARS-CoV-2 a través del uso de pruebas de amplificación de ácidos nucleicos (conocidas en inglés como NAAT “Nucleic Acid Amplification Tests”), principalmente la prueba molecular de RT-PCR (Reacción en cadena de la Polimerasa con Transcriptasa Reversa) empleando el hisopado nasofaríngeo como muestra estándar(5). Sin embargo, en el Perú, a la fecha aún se sigue discutiendo el uso a gran escala de estas pruebas moleculares, así como su uso únicamente en casos con presentación clínica grave. Argumentando que a nivel internacional existe una escasez de estas para su comercialización.

En la actualidad el Estado peruano ha implementado de forma masiva el uso de las pruebas serológicas de flujo lateral, mal llamadas “pruebas rápidas” con poca evidencia científica sobre su efectividad argumentando que es un apoyo al diagnóstico de la infección y que permite tomar acciones rápidas a pesar de su alta tasa de falsos negativos. Sin embargo, en varios escenarios esta prueba sumada al criterio clínico está siendo usada en un diagnóstico final.

 

  • EXPERIENCIAS EXITOSAS EN PAÍSES QUE HAN LOGRADO CONTROLAR LA TRANSMISIÓN DEL VIRUS SARS-CoV-2

Un estudio, que reporta la experiencia del Ministerio de Salud de Singapur, muestra que la detección temprana de casos fue una de las medidas más efectivas de su sistema de vigilancia, ellos decidieron extender la capacidad de los laboratorios para realizar pruebas moleculares (RT-PCR) en todos los hospitales públicos del país, llegando a realizar 2200 pruebas al día para una población de 5,7 millones(6,7). Un esfuerzo similar ha realizado Corea del Sur, quienes fortalecieron sus laboratorios públicos e implementaron cuatro plataformas moleculares diferentes en todo el país como parte de su estrategia de control del SARS-CoV-2, llegando a realizar más de 5200 pruebas por millón de habitantes(8). Si bien los ensayos serológicos pueden complementar e incrementar la sensibilidad  diagnóstica de SARS-Cov-2 por RT-PCR(9), los estudios preliminares muestran que solo las pruebas de ELISA que combinan la detección de anticuerpos del tipo IgG e IgM podrían incrementar la sensibilidad y especificidad diagnóstica. Sin embargo, cualquier combinación de pruebas simultáneas o secuenciales siguen aún en evaluación y no son aún recomendadas por OMS para el control de la enfermedad(10). 

Un estudio que evaluó el desempeño de una prueba de ELISA contra el antígeno RBD (Receptor binding domain), reportó una sensibilidad del 38.3% entre los primeros días desde el inicio de los síntomas, 89.6% entre los días 8 a 14 después del inicio de síntomas y llegando a una sensibilidad mayor al 79% en estadios tardíos (15-39 días). Concluyendo los investigadores que la implementación de pruebas serológicas podrían brindar un aporte valioso en el entendimiento y comportamiento epidemiológico de la enfermedad luego de producida (11).

Algunos reportes indican una frecuencia de falsos negativos del RT-PCR entre el 7,0 al 37.0%, dependiendo del tipo de muestra biológica(12). Sin embargo, los reportes presentan tamaños de muestras pequeños y la frecuencia de falsos negativos se pudo atribuir a una toma de muestras inadecuada, conservación incorrecta o presencia de errores en alguna etapa pre-analítica. Por otro lado, en situaciones ideales estas pruebas han demostrado ser 100% específicas(13,14) aunque aún no hay información publicada sobre sensibilidad en situaciones reales. Por lo tanto, algunos autores recomiendan la combinación de dos pruebas moleculares dirigidas sobre diferentes fragmentos de las secuencias del ARN viral(13,15) e incluso la repetición de las pruebas moleculares para confirmación de casos(16). 

Estudios recientes reportan que las muestras nasofaríngeas podrían seguir siendo positivas para SARS-CoV-2 en promedio hasta 15 días o más después del inicio de síntomas(17). Así mismo, SARS-CoV-2 se puede presentar en muestras fecales cuando ya no se detecta el ARN viral en muestras respiratorias hasta por 5 semanas. Los investigadores recomiendan que la decisión de considerar un paciente como negativo o recuperado, se debería de basar en evaluación clínica y al menos dos muestras secuenciales negativas con intervalo de 24 horas(18). Otro estudio, recién publicado en Lancet, sugiere el uso de muestras de saliva como una alternativa de auto-colección de muestras y evitar la probable contaminación de los trabajadores de salud(17). Sin embargo, nuevos estudios con ésta y otras muestras deben de ser realizados 

MENSAJE FINAL

La prueba confirmatoria para el diagnóstico de infección por SARS-CoV-2 es la prueba de laboratorio RT-PCR. Sin embargo, ésta debe de acompañarse de la evaluación y seguimiento clínico, así como de la evaluación del riesgo epidemiológico. Debido a la gran transmisión y al incremento de casos sospechosos de SARS-CoV-2, las ciudades están en la necesidad de tamizar en sus propios laboratorios e implementar técnicas de detección temprana. Los países latinoamericanos deben de fortalecer su sistema de vigilancia a través de la mejora de su capacidad de detección, lo cual implica mejorar la capacidad diagnóstica de los laboratorios con pruebas moleculares.

 Referencias bibliográficas:

  1. ​Wuhan Municipal Health and Health Commission’s briefing on the current pneumonia epidemic situation in our city 2019 [Internet]. 2019. Disponible en: http://wjw.wuhan.gov.cn/front/web/showDetail/2019123108989
  2. ​Novel Coronavirus (2019-nCoV). SITUATION REPORT – 1. 21 JANUARY 2020 [Internet]. 2020. Disponible en: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200121-sitrep-1-2019-ncov.pdf
  3. ​Rodriguez-Morales AJ, Gallego V, Escalera-Antezana JP, Méndez CA, Zambrano LI, Franco-Paredes C, et al. COVID-19 in Latin America: The implications of the first confirmed case in Brazil. Travel Med Infect Dis. febrero de 2020;101613.
  4. ​Lee A. Wuhan novel coronavirus (COVID-19): why global control is challenging? Public Health. febrero de 2020;179:A1-2.
  5. ​World Health Organization. Laboratory Testing for coronavirus disease (COVID-19) in suspected human cases. Interim Guidance. 19 March 2020 [Internet]. Disponible en: https://apps.who.int/iris/handle/10665/331501
  6. ​Lee VJ, Chiew CJ, Khong WX. Interrupting transmission of COVID-19: lessons from containment efforts in Singapore. J Travel Med. 13 de marzo de 2020;taaa039.
  7. ​Koo JR, Cook AR, Park M, Sun Y, Sun H, Lim JT, et al. Interventions to mitigate early spread of SARS-CoV-2 in Singapore: a modelling study. Lancet Infect Dis. marzo de 2020;S1473309920301626.
  8. ​Normlie D. Coronavirus cases have dropped sharply in South Korea. What’s the secret to its success? [Internet]. Science. 2020 [citado 25 de octubre de 2018]. Disponible en: https://www.sciencemag.org/news/2020/03/coronavirus-cases-have-dropped-sharply-south-korea-whats-secret-its-success
  9. ​Guo L, Ren L, Yang S, Xiao M, Chang D, Yang F, et al. Profiling Early Humoral Response to Diagnose Novel Coronavirus Disease (COVID-19). Clin Infect Dis. 21 de marzo de 2020;ciaa310.
  10. ​OPS. Información respecto a la detección por laboratorio del SARS-CoV-2. 2020.
  11. ​Zhao, Juanjuan. Antibody responses to SARSCoV2 in patients of novel coronavirus disease 2019.
  12. ​Wang W, Xu Y, Gao R, Lu R, Han K, Wu G, et al. Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens. JAMA [Internet]. 11 de marzo de 2020 [citado 27 de marzo de 2020]; Disponible en: https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2762997
  13. ​Corman VM, Landt O, Kaiser M, Molenkamp R, Meijer A, Chu DK, et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Eurosurveillance [Internet]. 23 de enero de 2020 [citado 25 de marzo de 2020];25(3). Disponible en: https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045
  14. ​Pfefferle S, Reucher S, Nörz D, Lütgehetmann M. Evaluation of a quantitative RT-PCR assay for the detection of the emerging coronavirus SARS-CoV-2 using a high throughput system. Eurosurveillance [Internet]. 5 de marzo de 2020 [citado 26 de marzo de 2020];25(9). Disponible en: https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.9.2000152
  15. ​Kim S, Kim D-M, Lee B. Insufficient Sensitivity of RNA Dependent RNA Polymerase Gene of SARS-CoV-2 Viral Genome as Confirmatory Test using Korean COVID-19 Cases [Internet]. other; 2020 feb [citado 25 de marzo de 2020]. Disponible en: https://www.preprints.org/manuscript/202002.0424/v1
  16. ​Cascella M, Rajnik M, Cuomo A, Duebohn S, Di Napoli R. Features, Evaluation and Treatment Coronavirus (COVID-19) [Internet]. StatPearls Publishing LLC.; 2020. (online). Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32150360
  17. ​To KK-W, Tsang OT-Y, Leung W-S, Tam AR, Wu T-C, Lung DC, et al. Temporal profiles of viral load in posterior oropharyngeal saliva samples and serum antibody responses during infection by SARS-CoV-2: an observational cohort study. Lancet Infect Dis. marzo de 2020;S1473309920301961.
  18. ​Wu Y, Guo C, Tang L, Hong Z, Zhou J, Dong X, et al. Prolonged presence of SARS-CoV-2 viral RNA in faecal samples. Lancet Gastroenterol Hepatol. marzo de 2020;S2468125320300832.

 

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